Sejarah IAIN syekh Nurjati Cirebon tidak dapat terlepas dari sejarah perjuangan
Umat Islam Indonesia khusunya mereka yang ada di Cirebon. Situasi sosial politik Bangsa Indonesia pada awal tahun 1960-an yang diwarnai oleh perkembangan faham komunis
(PKI), telah mendorong Umat Islam untuk menjadi lembaga pendidikan sebagai salah satu medan perjuangan mereka.
Dalam kaitannya itu, kehadirannya Perguruan Tinggi Islam menjadi tuntutan objektif karena banyaknya lulusan sekolah Islam, seperti madrasah dan pesantren setingkat sekolah lanjutan atas yang ingin melanjutkan studi dan adanya dorongan untuk mempersiapkan tenaga birokrasi yang selam itu banyak diisi oleh hasil didikan kolonial yang tidak mungkin mengemban asoirasi umat Islam.
Dilandasi semangat untuk mencetak sarjana muslim pejuang, maka pada awal tahun 1960 an para aktifis muslim yang tergabung dalam
Forum Islamic Study Club (ISC) Cirebon mendirikan lembaga pendidikan Islam Tinggi yang kemudian diberi nama
Universitas Islam Syarif Hidayatullah (UNISHA) dibawah binaan yayasan pendidikan tinggi Islam Syarif Hidayatullah.
Pada tanggal 12 Agustus 1965, salah satu dari tiga Fakultas di lingkungan
UNISHA, yaitu Fakultas Agama di negrikan dan diresmikan menjadi
Fakultas Tarbiyah al-Jami’ah Syarif Hidayatullah Jakarta Cabang Cirebon. Sedangkan Fakultas lainnya yakni Fakultas Hukum dan Fakultas Ekonomi menjadi cabang dari Universitas Islam Indonesia (UII) Yogyakarta. Atas dasar itulah maka tanggal 12 Agustus 1965 di jadikan hari jadi
IAIN Syekh Nurjati Cirebon.
Dalam perkembangan berikutnya
IAIN Syekh Nurjati Cirebon sempat membuka Fakultas Ushuludin yang diresmikan pada tahun 1967. Namun, karena kebijakan pemerintah menghendaki adanya rasionalisasi , maka pada tahun 1974 Fakultas tersebut ditutup kembali. Kemudian sejalan dengan kebijakan itu pula, pada tanggal
15 Maret 1976 Fakultas Tarbiyah IAIN Syekh Nurjati Cirebon dialihkan pembinaannya ke IAIN Gunung Djati Bandung, sampai akhirnya beralih status menjadi
Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Cirebon pada tahun 1997, sesuai dengan Keputusan Presiden Nomor : 11/1997 tanggal 21 Maret 1997.
Meskipun alih status dari Fakultas Tarbiyah IAIN Gunung Djati Bandung Cabang Cirebon terjadi pada tanggal 21 Maret 1997, hari lahir STAIN Cirebon pada Tanggal 12 Agustus 1965, yaitu tanggal diresmikannya Fakultas Tarbiyah IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta Cabang Cirebon.
Dan akhirnya STAIN Cirebon berganti nama menjadi
IAIN Syekh Nurjati Cirebon setelah mengantongi izin
Peraturan Presiden Nomor 48 tahun 2009 yang dikeluarkan pada tanggal 10 November 2009 dan Perubahan nama tersebut diresmikan Menteri Agama Suryadharma Ali di halaman kampus
IAIN Syekh Nurjati Cirebon.Adapun tokoh-tokoh yang pernah memimpin lembaga Pendidikan Islam Tinggi ini sepanjang sejarahnya adalah:
- Prof. Abdul Kahar Mudzakir : Rektor UNISHA (1962-1963)
- Brigjen Sudirman : Rektor UNISHA (1964)
- Prof. M.T.T Abdul Muin : Dekan Fakultas Tarbiyah IAIN (1965-1972)
- Prof. H. Zaini Dahlan, MA : Dekan Fakultas Ushuludin (1967-1974)
- Drs. H.O Djauharudin AR : Dekan Fakultas Tarbiyah IAIN (1972-1975)
- Drs. Salim Umar, MA : Dekan Fakultas Tarbiyah IAIN (1975-1977)
- Drs. Marzuki Dimyati : Dekan Fakultas Tarbiyah (1977-1980 dan 1990-1994)
- Prof. DR. H. Muhaimin, MA : Dekan Fakultas Tarbiyah (1980-1987)
- Drs. H. Syafiyudin : Dekan Fakultas Tarbiyah (1987-1990)
- Drs. H. Tauhid : Dekan/Pgs. Ketua STAIN Cirebon (1994-1998)
- Drs.H. Djono : Ketua STAIN Cirebon (1998-2002)
- Prof. DR. H. Imron Abdulah, M.Ag : Ketua STAIN Cirebon (2002-2006)
- Prof. DR. H. Imron Abdulah, M.Ag : Ketua STAIN Cirebon (2006-2010)
- Prof. DR. H. Imron Abdulah, M.Ag : Pgs. Rektor IAIN Syekh Nurjati Cirebon (2009-2010)
- Prof. DR. Matsna : Pgs. Rektor IAIN Syekh Nurjati Cirebon (2010)
- Prof. DR. H. Maksum Mukhtar, MA : Rektor IAIN Syekh Nurjati Cirebon (2011-sekarang)